Управление и контроль за ходом реализации Программы осуществляют:
на федеральном уровне - министерство образования и науки Российской Федерации, Федеральное агентство по образованию;
на региональном уровне - рабочая группа под руководством заместителя председателя Правительства - министра экономического развития и торговли Оренбургской области.