Счетная палата организует свою работу на основе годовых и текущих планов и программ, которые формируются исходя из необходимости обеспечения всестороннего системного контроля за исполнением областного бюджета с учетом всех видов и направлений деятельности Счетной палаты и утверждаются Законодательным Собранием Оренбургской области.
Внеплановые проверки и обследования назначаются председателем Счетной палаты по решению Законодательного Собрания Оренбургской области, а также по предложениям председателя Законодательного Собрания Оренбургской области и Губернатора области.