Оценка эффективности программы будет осуществляться в ходе ежегодного мониторинга ее целевых показателей, определение фактически произведённых бюджетных расходов и реальных сроков выполнения программы, последующего анализа результатов и внесения необходимых коррективов в содержание программных мероприятий.
В процессе мониторинга устанавливаются отклонения фактических результатов от планируемых, в случае существенных отклонений выявляются причины и факторы, негативно влияющие на реализацию ведомственной целевой программы, а также разрабатываются предложения по повышению результативности программы.