По территории Томской области протекает 18100 рек и одним из самых опасных природных явлений и процессов является половодье, прохождение которого ежегодно носит разрушающий характер. В 2002 году малые и средние реки области подошли к началу половодья с повышенным уровнем воды, кроме того, в них стали поступать талые воды из лесов, воды оттаявших болот и осадки. Реки вышли из берегов по причине малой пропускной способности русел и превысили все критические и опасные уровни. В итоге в зону затопления попало 53 населенных пункта, прервалось автомобильное сообщение с 67 населенными пунктами, в которых проживало 32464 человека. Было подтоплено 754 жилых дома, 2133 постройки и нарушена жизнедеятельность 2388 человек, в том числе 537 детей. Ущерб составил 119,1 млн. рублей. В 2007 году затоплению подверглось 18 населенных пунктов (26 тыс. человек). Были повреждены (разрушены) 314 жилых домов, 12 мостов, более 60 км автодорог, 28 объектов жизнеобеспечения, сельскохозяйственные угодья. Ущерб оценивался в 80 млн. рублей.
В 2008 году паводок прошел относительно спокойно, режим чрезвычайной ситуации локального характера был введен в г. Томске в результате разлива р. Ушайки в районе пос. Степановка. В результате подъема уровня воды в р. Итатка произошло подтопление Орловского водозабора - источника хозяйственно-питьевого водоснабжения г. Асино с населением 27,3 тыс. человек. Ущерб экономике области составил около 7 млн. рублей.
В 2009 году весеннее половодье не сопровождалось чрезвычайными ситуациями, но в ноябре на р. Томи в результате редкого стечения гидрометеорологических факторов сформировался экстремально высокий зимний паводок уже после установления ледостава. Паводок сопровождался вскрытием реки Томи на всем протяжении от верховьев до г. Томска, ледоходом, образованием заторов и резкими подъемами уровня воды с разрушением ледостава (до 30 см) и постепенным продвижением всей ледовой массы к г. Томску. Уровень воды в р. Томи поднялся до экстремально высокой отметки 625 см (повторяемость - 1 раз в 90 лет). При этом русло р. Томи забилось битым льдом и шугой на всем протяжении реки в пределах Томской области. Аномально холодная погода в декабре 2009 г. - январе 2010 г. способствовала увеличению мощности ледового покрова. В результате половодья 2010 года были подтоплены населенные пункты Томского района: с. Черная Речка (339 пострадавших домовладений, 1393 человека, в том числе было эвакуировано 820 человек), с. Барабинка (53 пострадавших домовладения, 136 человек), с. Тахтамышево (22 пострадавших домовладения, 62 человека), в г. Томске пострадало 65 домовладений с численностью жителей 158 человек.
В 2010 году развитие половодья на всей территории Томской области проходило при уровнях, превышающих среднегодовые. В результате в зоне затопления оказалось 23 населенных пункта в 7 муниципальных образованиях, было затоплено 764 жилых строения (2548 человек), при этом из них отселялось 1020 человек. Ущерб составил более 500 млн. рублей.
В Томской области общая протяженность береговой линии в границах поселений составляет 5000 км. На территории области, подверженной негативному воздействию вод (350 км), проживает 117,3 тыс. человек.
В настоящее время на территории Томской области 22 гидротехнических сооружения общей протяженностью 69433 м обеспечивают безопасность населения и объектов экономики от негативного воздействия вод, из них:
в технически исправном состоянии находится 8 сооружений протяженностью 34106 м (49 %);
требуется реконструкция 5 сооружений общей протяженностью 24571 м: в Колпашевском районе - 4 сооружения (ограждающая дамба мкр. Шпальная в с. Тогур, ограждающая дамба мкр. Рейд в с. Тогур, ограждающая дамба мкр. Пески в г. Колпашево, ограждающая дамба в с. Озерное - 2-я очередь); 1 сооружение в Парабельском районе (ограждающая дамба в с. Нарым);
требуется капитальный ремонт 9 сооружений (10756 м).
В связи с развитием береговой эрозии необходимо строительство новых гидротехнических сооружений общей протяженность 3430 м: берегоукрепление правого берега р. Томи в г. Томске (от Коммунального моста до Лагерного сада), в г. Стрежевом в районе мкр. Деревенской застройки, в р. п. Белый Яр Верхнекетского района.
В результате редкого по своей активности процесса развития береговой эрозии на высоком обрывистом берегу р. Оби в г. Колпашево сложилась угроза существования всего города с численностью жителей 46,5 тыс. человек. Скорость переработки береговой полосы уже достигает 35 м в год и в настоящее время в зоне размыва оказались жилые строения пяти улиц города (346 домов) с объектами жизнеобеспечения. Компенсационные выплаты населению за счет средств бюджета Томской области составляют 7,5 млн. рублей ежегодно. В случае непроведения работ по стабилизации сложившейся чрезвычайной ситуации ущерб от вредного воздействия р. Оби в г. Колпашево оценивается в размере 908,5 млн. рублей.
Данные проблемы требуют неотложного комплексного подхода в решении всех направлений развития деятельности по своевременному предотвращению и минимизации наносимого ущерба населению и объектам экономики Томской области от негативного воздействия поверхностных вод.