Система контроля за реализацией программы имеет два уровня:
- Муниципальное учреждение «Центр технического надзора» на безвозмездной основе осуществляет технический надзор за выполнением строительно-монтажных работ при проведении капитального ремонта многоквартирных домов, включенных в программу и не относящихся к объектам культурного наследия (памятникам истории и культуры). Технический и авторский надзор за выполнением строительно-монтажных работ при проведении капитального ремонта многоквартирных домов, включенных в программу и относящихся к объектам культурного наследия (памятникам истории и культуры) осуществляет юридическое лицо или индивидуальный предприниматель, разработавшие проектную документацию на проведение работ по указанным объектам;
- администрации районов Города Томска и администрация Города Томска осуществляют общий контроль фактического исполнения мероприятий и сроков их исполнения.
Реализация программы освещается в средствах массовой информации.