Основные цели и задачи Программы совпадают с целями и задачами создания ООПТ, определенными в Положении об особо охраняемой природной территории местного значения «Озерный комплекс пос.Самусь ЗАТО Северск», утвержденном Решением Думы ЗАТО Северск от 21.12.2006 № 26/7 «О создании особо охраняемой природной территории местного значения «Озерный комплекс пос.Самусь ЗАТО Северск».
Главная цель Программы - сохранение уникальной водной экосистемы озерного комплекса пос.Самусь, имеющей природоохранное, научное, эстетическое, рекреационное и оздоровительное значение.
Задачами Программы являются:
1) поддержание благоприятного экологического баланса в гидрологической системе озерного комплекса;
2) создание условий для отдыха населения и сохранение рекреационных ресурсов;
3) сохранение оптимальной структуры местного ландшафта и разнообразия природных комплексов и их модификаций, сформировавшихся в процессе длительного освоения и традиционного использования территории ландшафтов.