Текущее управление Программой и контроль за реализацией Программы осуществляет администрация Города Томска в лице заместителя Мэра Города Томска - Руководителя аппарата администрации Города А.И. Цымбалюка. Инструментом реализации механизма контроля являются ежеквартальные и годовые отчеты, которые формирует комитет по вопросам муниципальной службы и кадрам администрации Города Томска и направляет в управление экономического развития администрации Города Томска. Для формирования сводного отчета департамент образования администрации Города Томска ежеквартально представляет отчет в комитет по вопросам муниципальной службы и кадрам администрации Города Томска.