Система контроля за реализацией программы имеет два уровня:
- муниципальное бюджетное учреждение «Центр технического надзора» на договорной, безвозмездной основе осуществляет технический надзор за выполнением строительно-монтажных работ при проведении капитального ремонта многоквартирных домов, включенных в программу и не относящихся к объектам культурного наследия (памятникам истории и культуры). Технический и авторский надзор за выполнением строительно-монтажных работ при проведении капитального ремонта многоквартирных домов, включенных в программу и относящихся к объектам культурного наследия (памятникам истории и культуры) осуществляет юридическое лицо или индивидуальный предприниматель, разработавшие проектную документацию на проведение работ по указанным объектам;
- технический и авторский надзор, а также приемка выполненных работ, если их стоимость не превышает 500 000 (пятьсот тысяч) рублей (включая НДС), осуществляется юридическим лицом или индивидуальным предпринимателем, разработавшим проектную документацию на проведение работ по ремонту соответствующего многоквартирного жилого дома;
- администрации районов Города Томска и администрация Города Томска осуществляют общий контроль фактического исполнения мероприятий и сроков их исполнения.
Реализация программы освещается в средствах массовой информации.