Реализацию Целевой инновационной программы муниципального образования «Город Томск» на 2009-2011 годы обеспечивает
комитет инновационной деятельности департамента экономического развития и управления муниципальной собственностью администрации города Томска. Исполнители мероприятий программы определены либо непосредственно в программе, либо определяются в соответствии с действующим законодательством. Мероприятия программы проводятся на основании муниципальных правовых актов города Томска. Обязательным условием предоставления бюджетных средств является заключение договора. На реализацию мероприятий программы предусматриваются бюджетные ассигнования на предоставление субсидий юридическим лицам и оказание муниципальных услуг.
(Абзац в редакции, введенной в действие Постановлением Администрации г. Томска от 29 апреля 2010 года № 386, - см. предыдущую редакцию)
Контроль за исполнением программы осуществляет администрация города Томска.
Управление программой осуществляет комитет инновационной деятельности департамента экономического развития и управления муниципальной собственностью администрации города Томска, ежеквартально представляет отчет о ходе реализации программы в уполномоченное структурное подразделение департамента экономического развития и управления муниципальной собственностью администрации города Томска и департамент финансов администрации города Томска.
При изменении объемов финансирования мероприятий программы комитетом инновационной деятельности департамента экономического развития и управления муниципальной собственностью администрации города Томска вносятся предложения об изменении объемов финансирования отдельных мероприятий на 2009-2011 годы и сроков их реализации.
Ход реализации Целевой инновационной программы муниципального образования «Город Томск» на 2009-2011 годы регулярно освещается в средствах массовой информации.