Контроль за осуществлением органами местного самоуправления государственных полномочий осуществляет Департамент здравоохранения Томской области.
В случае выявления нарушений органами местного самоуправления законодательства Томской области по вопросам осуществления государственных полномочий Департамент здравоохранения Томской области вправе давать письменные предписания по устранению таких нарушений, обязательные для исполнения органами местного самоуправления и должностными лицами местного самоуправления.
Органы местного самоуправления представляют ежемесячно в срок до 10 числа месяца, следующего за отчетным месяцем, в Департамент здравоохранения Томской области отчет об использовании денежных средств, полученных из областного бюджета в виде субвенций на осуществление переданных государственных полномочий по форме, утвержденной Департаментом здравоохранения Томской области.