Контроль за осуществлением органами местного самоуправления государственных полномочий осуществляют Администрация Томской области, Департамент общего образования Томской области.
В случае выявления нарушений органами местного самоуправления законодательства Томской области по вопросам осуществления государственных полномочий Администрация Томской области, Департамент общего образования Томской области вправе давать письменные предписания по устранению таких нарушений, обязательные для исполнения органами местного самоуправления и должностными лицами местного самоуправления.
Органы местного самоуправления ежеквартально в срок до десятого числа месяца, следующего за отчетным кварталом, представляют в Департамент общего образования Томской области отчет об использовании денежных средств, полученных из областного бюджета в виде субвенций на осуществление переданных государственных полномочий по форме, утвержденной Департаментом общего образования Томской области.