Контроль за реализацией Программы осуществляется Государственной Думой Томской области и Администрацией Томской области. После утверждения Программы Департамент здравоохранения Томской области обеспечивает целевое и эффективное использование финансовых средств, выделяемых на реализацию Программы. Департамент здравоохранения Томской области отчитывается (с момента поступления финансовых средств) перед Департаментом финансов Томской области и Департаментом экономики Администрации Томской области.