Формы и методы управления Программой определяются Администрацией Томской области. Текущее управление осуществляет Департамент экономики Администрации Томской области.
Контроль за ходом выполнения Программы осуществляют Государственная Дума Томской области, Администрация Томской области в соответствии с законодательством.
Администрация Томской области представляет в Государственную Думу Томской области информацию и отчет об исполнении Программы в соответствии с законодательством.
Текущий контроль за выполнением программных мероприятий и координацию действий исполнителей программных мероприятий осуществляет Департамент экономики Администрации Томской области совместно с заинтересованными исполнительными органами государственной власти Томской области.
Исполнители программных мероприятий ежеквартально представляют в Департамент экономики Администрации Томской области отчетность о реализации Программы и об использовании финансовых ресурсов в соответствии с законодательством.
На основе отчетов исполнителей программных мероприятий и достигнутого уровня целевых индикаторов, определенных в разделе VI Программы, Департамент экономики Администрации Томской области в срок до 1 марта 2008 года проводит оценку эффективности реализации Программы.
Результаты реализации программных мероприятий учитываются Департаментом модернизации и экономики ЖКХ Администрации Томской области при установлении лимитов теплопотребления для бюджетных учреждений и иных бюджетных организаций.