Контроль за реализацией Программы осуществляют Государственная Дума Томской области и Администрация Томской области. Департамент здравоохранения Томской области обеспечивает целевое и эффективное использование бюджетных ассигнований, выделяемых на реализацию Программы. Департамент здравоохранения Томской области ежеквартально отчитывается перед Департаментом финансов Томской области и Департаментом экономики Администрации Томской области.
(Пункт в редакции, введенной в действие Законом Томской области от 20 декабря 2007 года № 286-ОЗ, - см. предыдущую редакцию)