Реализацию Целевой инновационной программы муниципального образования «Город Томск» на 2006г. обеспечивает комитет по инновационной деятельности администрации г.Томска. Исполнители мероприятий программы определены либо непосредственно в Программе, либо определяются на конкурсной основе. Обязательным условием получения бюджетных средств является заключение договора. При реализации Программы бюджетные средства предоставляются в формах: субвенций, субсидий, в том числе физическим и юридическим лицам, и оказание материальной поддержки, средств на оплату товаров, работ, услуг, выполняемых физическими и юридическими лицами по договорам.
Контроль за исполнением Программы осуществляет комитет по инновационной деятельности администрации г. Томска, комитет по науке, вузам и инновациям Думы города Томска.
Комитет по инновационной деятельности администрации г. Томска осуществляет управление городской Целевой инновационной программой на 2006г., ежеквартально представляет в департамент экономики администрации г. Томска и департамент финансов администрации г. Томска отчет о ходе ее реализации.
При изменении объемов финансирования мероприятий Программы комитетом вносятся предложения об изменении объемов и сроков их реализации.
По решению Мэра г. Томска результаты выполнения мероприятий Программы рассматриваются на заседаниях администрации г. Томска.
Реализация Программы освещается в средствах массовой информации.