Текущее управление Программой осуществляет департамент образования администрации г. Томска.
Контроль за ходом реализации Программы, целевым использованием средств осуществляют Дума города Томска, администрация г. Томска, департамент финансов администрации г. Томска в соответствии с действующим законодательством.