Межбюджетные отношения в Томской области основываются на принципах:
самостоятельности областного и местных бюджетов;
разграничения доходов и закрепления за бюджетами муниципальных образований Томской области на постоянной основе единых нормативов отчислений налогов и сборов;
разграничения расходных обязательств Томской области и муниципальных образований Томской области;
равенства бюджетных прав муниципальных образований;
выравнивания уровня бюджетной обеспеченности муниципальных образований;
равенства местных бюджетов во взаимоотношениях с областным бюджетом.