Площадь поселения 80362 га.
Зырянское сельское поселение расположено в северо-западной части Зырянского муниципального района. На западе Зырянское сельское поселение граничит с Томским районом, граница с которым начинается с пересечения границ Дубровского и Зырянского сельских поселений и Томского района, проходит по реке Яя до границы с Асиновским районом, с которым Зырянское сельское поселение граничит на западе и северо-западе. Граница проходит по реке Яя и заканчивается в ее устье при впадении в реку Чулым. Далее с северной стороны Зырянское сельское поселение граничит с Первомайским районом, граница проходит от устья реки Яя вверх по течению реки Чулым, отрезая часть правобережья реки Чулым, напротив села Зырянское и далее до границы с Чердатским сельским поселением в районе озера Федотиха, с которым Зырянское сельское поселение граничит на северо-востоке. Граница с Чердатским сельским поселением начинается от реки Чулым, через озеро Федотиха, озеро Берегай до реки Кия, далее по реке Кия. От реки Кия граница проходит около озера Пядское и выходит на реку Четь, далее по сенокосным угодьям Зырянского сельского поселения до смежества границ Зырянского, Чердатского и Михайловского сельских поселений в районе озёр Плоское, Иржик.
На востоке, юго-востоке и юге Зырянское сельское поселение граничит с Михайловским сельским поселением. От озера Иржик граница проходит по смежным землям Зырянского и Михайловского сельских поселений до реки Кия, далее вверх по течению реки Кия, от которой через урочище "Солонцы" граница проходит по землям сельхозназначения до смежества границ Зырянского, Михайловского сельских поселений с Дубровским сельским поселением в районе Михайловского высела, с которым Зырянское сельское поселение граничит на юге. От смежества границ Зырянского, Михайловского и Дубровского сельских поселений граница с Дубровским сельским поселением проходит по землям сельхозназначения, по безымянному ручью, по реке Чигисла, через урочище "Ивановское" и урочище "Рассвет", далее по юго-восточной стороне Иннокентьевского лесничества, урочища "Дубровское", по смежным землям сельхозназначения Зырянского и Дубровского сельских поселений через реку Берла до земель гослесфонда Иннокентьевского лесничества, далее по южной стороне гослесфонда Иннокентьевского лесничества до реки Каменка, по которой вниз по течению до реки Яя до границы Томского района.