Формы и методы управления Программой определяются Администрацией Томской области. Взаимодействие между государственными заказчиками подпрограмм осуществляет государственный заказчик - координатор - Департамент социальной защиты населения Администрации Томской области. Текущее управление реализацией Программы осуществляется государственными заказчиками: Департаментом социальной защиты населения Администрации Томской области; Департаментом общего образования Администрации Томской области; Департаментом здравоохранения Администрации Томской области.
Контроль за ходом реализации Программы, целевым использованием средств, выделенных из областного бюджета на реализацию программных мероприятий, осуществляет Государственная Дума Томской области, Администрация Томской области, Департамент финансов Администрации Томской области в соответствии с действующим законодательством.
Текущий контроль за выполнением основных мероприятий подпрограмм областной целевой программы «Дети Томской области» и координацию действий исполнителей программных мероприятий Подпрограмм обеспечивают Департамент социальной защиты населения Администрации Томской области, Департамент общего образования Администрации Томской области, Департамент здравоохранения Администрации Томской области совместно с другими заинтересованными ведомствами путем проведения совместных совещаний, заседаний коллегий, рассмотрения хода и итогов выполнения Программы на заседаниях Координационного совета Томской области по обеспечению социальных прав и интересов детей.