Контроль за реализацией мероприятий Программы осуществляет Администрация Томской области.
Департамент по социально-экономическому развитию села Томской области обеспечивает согласованные действия по подготовке и реализации мероприятий Программы, целевому и эффективному использованию бюджетных средств всех уровней и внебюджетных источников, выполнению заключенных соглашений с органами местного самоуправления муниципальных образований Томской области о финансировании мероприятий Программы за счет средств бюджетов различных уровней и внебюджетных источников.
В ходе реализации мероприятий Программы Департамент по социально-экономическому развитию села Томской области осуществляет взаимодействие с заинтересованными исполнительными органами государственной власти Томской области.
Контроль за целевым использованием бюджетных средств, выделяемых на реализацию мероприятий Программы, осуществляется Департаментом по социально-экономическому развитию села Томской области, Департаментом финансов Томской области, Департаментом экономики Администрации Томской области.