Предусматривается, что Программа будет осуществляться в 3 этапа.
На I этапе (2004 - 2005 годы) обеспечиваются совершенствование нормативной правовой, организационно-управленческой и научно-методической базы социального развития села и создание условий, минимально необходимых для реализации социальных гарантий, установленных законодательством Российской Федерации.
На II этапе (2006 - 2010 годы) предусматривается переход к формированию в сельской местности условий, обеспечивающих более высокие уровень и качество жизни.
На III этапе (2011 - 2012 годы) предполагается повышение уровня благосостояния сельского населения и стандартов качества жизни на территории Томской области, необходимых для улучшения демографической ситуации и формирования высокопрофессиональных трудовых кадров села.
Преимущественное развитие жилищной сферы, социальной и инженерной инфраструктуры в этот период должно будет осуществляться в сельской местности, в которой реализуются крупные инвестиционные проекты, обеспечивающие занятость населения преимущественно в секторах с высоким потенциалом устойчивого роста и уровнем производительности труда.