Контроль за реализацией программы осуществляется Государственной Думой Томской области и Администрацией Томской области. После утверждения программы Департамент здравоохранения Администрации Томской области обеспечивает целевое и эффективное использование финансовых средств, выделяемых на реализацию программы. Департамент здравоохранения Администрации Томской области ежеквартально (с момента поступления финансовых средств) отчитывается перед Департаментом финансов Администрации Томской области и Департаментом экономики Администрации Томской области.