Формы и методы управления Программой определяются Администрацией Томской области. Текущее управление осуществляет Департамент социальной защиты населения Администрации Томской области.
Контроль за ходом реализации Программы осуществляет Государственная Дума Томской области, Администрация Томской области в соответствии с действующим законодательством.
Контроль за целевым использованием средств, выделяемых из областного бюджета на реализацию программных мероприятий, осуществляет Департамент финансов Администрации Томской области.
Текущий контроль за выполнением основных мероприятий Программы и координацию действий исполнителей программных мероприятий обеспечивает Департамент социальной защиты населения Администрации Томской области совместно с другими заинтересованными департаментами путем проведения совместных совещаний, заседаний коллегий, внесения на рассмотрение Координационного совета Томской области по делам инвалидов хода и итогов выполнения Программы.