Заказчиком программы является Администрация Томской области. Исполнителями программы являются Департамент экономики и инвестиций, Департамент по научно-технической политике, высшему и среднему профессиональному образованию, Департамент промышленности и лесопромышленного комплекса, Департамент государственного регулирования потребительского рынка, продовольствия, перерабатывающей промышленности и поддержки предпринимательства, Агентство развития Томской области, организации научно-образовательного комплекса Томской области, организации инновационной инфраструктуры Томской области, промышленные предприятия Томской области, Администрация г. Томска (по согласованию) и Администрация ЗАТО Северск (по согласованию).
Исполнители мероприятий программы могут определяться либо непосредственно в программе, источники и объем финансирования которой ежегодно утверждаются Государственной Думой Томской области, либо на конкурсной основе. Организации-исполнители, получающие внебюджетные средства, заключают договоры непосредственно с инвесторами, либо трехсторонние договоры, в которых участвует Администрация Томской области, если средства предоставляются при содействии или под гарантии областного бюджета.
Как правило, условием получения бюджетных средств организацией-исполнителем будет привлечение внебюджетных ресурсов.