Управление и контроль за реализацией Программы осуществляет Департамент по работе с территориями Администрации области во взаимодействии со структурами подразделениями Администрации области, органами местного самоуправления, областной и районными ассоциациями коренных малочисленных народов Севера. Контроль за реализацией Программы осуществляют Государственная Дума Томской области, Администрация Томской области, органы местного самоуправления.