Финансирование программы осуществляется за счет средств федерального, областного и местных бюджетов (средства федерального и местного бюджетов являются прогнозными). Бюджетные средства, предусмотренные на реализацию мероприятий программы, зачисляются на счет государственного заказчика программы, определяемого распоряжением Главы Администрации (Губернатора) области.
Органы местного самоуправления (по согласованию) обеспечивают исполнение мероприятий программы, мониторинг социально-экономического положения коренных малочисленных народов Севера, разработку муниципальных программ социально-экономического развития коренных малочисленных народов.
Общее руководство программой осуществляет Департамент по работе с территориями и представляет отчеты о ходе ее реализации в Департамент финансов и Департамент экономики и инвестиций Администрации области.