Контроль за реализацией Программы осуществляется Правительством Пензенской области, Управлением экономики, инновационной и научно-технической политики Пензенской области. Контроль за целевым использованием бюджетных средств осуществляется Управлением экономики, инновационной и научно-технической политики Пензенской области.