Общее руководство Программой, выполнение функций координатора на заключение государственных контрактов на разработку, установку и внедрение автоматизированных систем по учету средств, получаемых бюджетными учреждениями от оказания платных услуг и иной приносящей доход деятельности, средств, поступающих бюджетным учреждениям во временное распоряжение, а также интеграции бюджетного учета финансовых органов муниципальных образований Пензенской области и бюджетных учреждений Пензенской области, осуществляет Министерство финансов Пензенской области.
Министерство финансов Пензенской области вносит в установленном порядке предложения по уточнению мероприятий Программы в случае изменения бюджетного законодательства, а также по итогам фактической реализации отдельных этапов программы, обеспечивает контроль за целевым использованием финансовых средств, несет ответственность за качественное и своевременное исполнение программных мероприятий.
Участие муниципальных образований Пензенской области в реализации Программы осуществляется при наличии разработанных и принятых представительными органами муниципальных образований аналогичных программ, целью которых является совершенствование управления бюджетным процессом в Пензенской области исходя из принципов добровольности, взаимной заинтересованности и взаимной ответственности.