Источниками финансирования Программы являются федеральный бюджет и бюджет Пензенской области.
Объемы финансирования по Программе утверждаются ежегодно в соответствии с возможностями бюджетов разных уровней. Министерство образования и науки Пензенской области с учетом выделяемых на реализацию Программы финансовых средств уточняет целевые показатели, в том числе включение и (или) исключение отдельных проектов и затрат на программные мероприятия.