Контроль за исполнением Программы осуществляет Министерство сельского хозяйства и продовольствия Пензенской области, являющееся государственным заказчиком и координатором программы.
Министерство сельского хозяйства и продовольствия Пензенской области обеспечивает согласованные с областными министерствами, управлениями и ведомствами действия по подготовке и реализации программных мероприятий, целевому и эффективному использованию бюджетных средств. Реализация Программы будет осуществляться в соответствии с государственной политикой в области реформирования агропромышленного комплекса, условиями развития экономики Пензенской области и выделения средств государственной поддержки на эти цели.
Министерство сельского хозяйства и продовольствия Пензенской области ежемесячно обобщает представляемую районными управлениями сельского хозяйства и продовольствия информацию и представляет ее Правительству Пензенской области.
Ежегодно до 1 марта Министерство сельского хозяйства и продовольствия Пензенской области представляет Правительству Пензенской области доклад о ходе реализации Программы, а в срок до 1 августа разрабатывает и вносит Управлению финансов Пензенской области предложения по выделению средств на государственную поддержку программы в следующем финансовом году.