При выполнении возложенных на него задач Совет имеет право:
приглашать на заседания Совета руководителей проектов, представителей научных, образовательных и общественных организаций в сфере научной и инновационной деятельности;
запрашивать и представлять всю необходимую информацию и материалы по вопросам, входящим в компетенцию Совета;
привлекать для проведения независимой экспертизы, консультаций, рассмотрения соответствующих вопросов ученых, специалистов, экспертов, в том числе на договорной основе, создавать рабочие группы;
отклонить рекомендации экспертных советов РФФИ и РГНФ по поддержке проектов и объемам их финансирования.