Программой предусматривается создать координационный совет для осуществления контроля за ходом реализации Программы, создать постоянно действующую комиссию по профилактике и борьбе с внутрибольничными инфекциями при управлении здравоохранения администрации области.
Формы и методы организации управления реализацией Программы определяются управлением здравоохранения администрации области и центром госсанэпиднадзора в области.
Предусматривается разработка и принятие территориальных целевых программ по профилактике внутрибольничных инфекций на городских и районных уровнях.