Контроль за целевым и эффективным использованием средств областного бюджета, предоставляемых на реализацию Подпрограммы, осуществляет министерство сельского хозяйства и продовольствия Самарской области.
Контроль за целевым использованием средств местных бюджетов осуществляют органы местного самоуправления муниципальных образований в Самарской области.
Министерство сельского хозяйства и продовольствия Самарской области ежегодно в срок до 1 марта подготавливает информацию о ходе реализации Подпрограммы за отчетный год, включая оценку значений целевых индикаторов и показателей, а также показателей эффективности реализации Подпрограммы, и направляет ее в министерство экономического развития, инвестиций и торговли Самарской области, министерство управления финансами Самарской области на рассмотрение.
Министерство экономического развития, инвестиций и торговли Самарской области, министерство управления финансами Самарской области в течение двух недель подготавливают и направляют в министерство сельского хозяйства и продовольствия Самарской области соответствующие заключения.
Министерство сельского хозяйства и продовольствия Самарской области ежегодно в срок до 1 апреля представляет информацию о ходе реализации Подпрограммы за отчетный год с приложением вышеуказанных заключений для рассмотрения на заседании Правительства Самарской области.