Организацию исполнения Программы осуществляет министерство здравоохранения Самарской области.
Контроль за ходом реализации Программы будет проводиться по принципу постоянного текущего контроля, а также планового анализа выполнения ее этапов соответствующими подразделениями и специалистами министерства здравоохранения Самарской области. Контроль за целевым использованием бюджетных средств, которые направляются непосредственно на нужды лечебно-профилактических учреждений муниципальных образований, осуществляет министерство управления финансами Самарской области. Отчет о ходе выполнения Программы будет представляться вице-губернатору области каждые шесть месяцев.