Управление Программой осуществляет департамент образования и науки Администрации области (министерство образования и науки Самарской области), который для решения программных задач использует ресурсы системы образования, привлекает организации, специалистов и экспертов, определяемых на конкурсной основе после утверждения Программы в установленном порядке в соответствии с действующим законодательством.
Контроль за использованием головным исполнителем Программы целевых бюджетных ассигнований обеспечивает департамент управления финансами Администрации области (министерство управления финансами Самарской области).
Программа реализуется на основе договоров на поставку товаров, выполнение работ, оказание услуг, заключенных на конкурсной основе. Договоры определяют права и обязанности сторон, регулируют их отношения, в том числе предусматривают контроль головным исполнителем Программы за ходом работ по выполнению договоров.