Организацию исполнения Программы осуществляет департамент здравоохранения Администрации области (министерство здравоохранения Самарской области). Контроль за ходом реализации Программы будет проводиться по принципу постоянного, текущего контроля, а также планового анализа выполнения ее этапов соответствующими подразделениями и специалистами департамента здравоохранения Администрации области (министерства здравоохранения Самарской области). За целевым использованием бюджетных средств контроль осуществляет департамент управления финансами Администрации области (министерство управления финансами Самарской области). Отчет о ходе выполнения Программы будет представляться вице-губернатору области каждые шесть месяцев.