Головным исполнителем Подпрограммы является департамент здравоохранения Администрации области (министерство здравоохранения Самарской области), распределяющий финансовые поступления с учетом выделяемых на реализацию Подпрограммы средств. Специалисты департамента здравоохранения Администрации области (министерства здравоохранения Самарской области) уточняют целевые показатели и затраты по программным мероприятиям.
Специалисты департамента здравоохранения Администрации области (министерства здравоохранения Самарской области) осуществляют текущий контроль за ходом реализации программных мероприятий. Контроль за исполнением Подпрограммы осуществляет департамент здравоохранения Администрации области (министерство здравоохранения Самарской области), за целевым использованием бюджетных средств - департамент управления финансами Администрации области (министерство управления финансами Самарской области). Отчет о ходе выполнения Подпрограммы представляется вице-губернатору области каждые шесть месяцев.