Контроль за реализацией Программы осуществляют Министерство природных ресурсов Российской Федерации, Правительство Самарской области, комитет природных ресурсов по Самарской области.
Комитет природных ресурсов по Самарской области ежегодно анализирует ход реализации Программы и направляет результаты анализа в Министерство природных ресурсов Российской Федерации и Правительство Самарской области.