Секретариат осуществляет следующие функции:
рассматривает письма, заявления, жалобы, поступающие в адрес Губернатора Самарской области, подготавливает по ним необходимые проекты решения и осуществляет контроль за ходом их реализации соответствующими государственными органами Самарской области;
представляет на подпись Губернатору Самарской области проекты законов Самарской области, постановлений и распоряжений Губернатора Самарской области;
планирует рабочий график Губернатора Самарской области;
участвует в подготовке совещаний при Губернаторе Самарской области;
осуществляет хранение секретных документов;
при возникновении чрезвычайных ситуаций принимает от оперативных дежурных управления Федеральной службы безопасности Российской Федерации по Самарской области, Главного управления по делам гражданской обороны и чрезвычайным ситуациям Самарской области, Главного управления внутренних дел Самарской области сведения о происшествиях, докладывает Губернатору Самарской области и принимает по ним соответствующие меры.