Оперативный контроль за ходом реализации программы осуществляется администрацией города, Управлением здравоохранения администрации города и городским центром государственного санитарно-эпидемиологического надзора.
Контроль за целевым использованием средств по обязательному медицинскому страхованию и средств федерального бюджета осуществляется уполномоченными на это органами исполнительной власти в пределах их компетенции.
Самарская городская Дума осуществляет контроль за ходом исполнения программы и целевым расходованием средств бюджета города в рамках своей компетенции.