Управление реализацией Программы возлагается на Главное управление труда Администрации области. Ответственными за выполнение мероприятий Программы в установленные сроки являются участники Программы.
Приоритетные направления и отдельные мероприятия подлежат ежегодной корректировке с учетом социально-экономической обстановки в регионе и с учетом выделяемых финансовых средств. По мере создания системы финансирования охраны труда на всех уровнях в соответствии со статьей 17 Основ законодательства Российской Федерации об охране труда и принятием Закона Самарской области "Об охране труда в Самарской области" возможно дополнительное выделение финансовых средств. Кроме того, могут привлекаться средства из других источников, не запрещенных законодательством Российской Федерации.
Департамент финансов Администрации области с участием головного исполнителя организует контрольные проверки выполнения Программы. Главное управление труда Администрации области ежегодно представляет отчет о ходе работ по Программе и эффективности использования финансовых средств в департамент финансов Администрации области.