Негативное влияние на реализацию Программы может оказать неполное финансирование Программы, а также нестабильная ситуация на рынке жилья, рост безработицы, сокращение доходов населения и как следствие снижение спроса на жилье.
Одним из механизмов минимизации негативного влияния внешних факторов может служить привлечение для строительства жилья внебюджетных источников финансирования в лице частных инвесторов.