Контроль за ходом реализации Программы осуществляет Правительство Нижегородской области. Формой контроля служит ежеквартальный отчет комитета государственного ветеринарного надзора Нижегородской области о ходе реализации Программы, представляемый в министерство экономики Нижегородской области, который составляется по данным других исполнителей Программы.
Комитет государственного ветеринарного надзора Нижегородской области осуществляет подготовку годового отчета о реализации Программы и представляет его на рассмотрение Правительства Нижегородской области.