Оперативное управление реализацией Подпрограммы предусматривается осуществлять двумя методами:
- путем создания ассоциации "Нижегородрапс" совместно с ОАО "Нижегородский масло-жировой комбинат" и сельскохозяйственными предприятиями и организациями АПК Нижегородской области;
- путем создания рабочей группы, созданной при министерстве сельского хозяйства и продовольственных ресурсов Нижегородской области (далее - Минсельхозпрод).