Механизм реализации заявленных целей и задач Программы - это система взаимоскоординированных по срокам, объёму финансирования и ответственным исполнителям мероприятий, обеспечивающих решение поставленных задач.
Координация деятельности органов государственной власти и местного самоуправления, других организаций, участвующих в реализации Программы, контроль исполнения программных мероприятий и определение приоритетов их выполнения осуществляется комитетом охраны природы и управления природопользованием Нижегородской области, который при необходимости выносит проблемные вопросы на рассмотрение Совета экологической безопасности Нижегородской области. Оперативное управление и организация своевременного исполнения мероприятий Программы возлагается на Верхне-Волжское межрегиональное территориальное управление по гидрометеорологии и мониторингу окружающей среды, которое является специально уполномоченным органом в области гидрометеорологии и мониторинга окружающей среды на территории Нижегородской области.