Координатором Подпрограммы, осуществляющим общее руководство и контроль за ходом ее реализации, является министерство промышленности и инноваций Нижегородской области.
Исполнителями Подпрограммы являются предприятия и организации судостроительной отрасли Нижегородской области (по согласованию).