Научно-исследовательская деятельность музея и комплектование музейных фондов - одно из основных направлений музейной деятельности.
Научно-исследовательская деятельность предполагает накопление документальных свидетельств и источников знаний, их обработку и введение в научный и общекультурный оборот.
Комплектование музейных фондов предполагает целевой, плановый, опирающийся на методологические принципы музееведения и профильных дисциплин, процесс выявления, сбора и научной организации музейных предметов, в результате которого создаётся источниковая база, необходимая для работы музея.
Последние годы систематическое комплектование музейных фондов практически не ведётся. Музеи области (особенно районные) полностью лишены возможности приобретать уникальные предметы, они не конкурентоспособны на рынке антиквариата.
Из-за отсутствия средств музеи не могут организовать экспедиционную работу, связанную с научно обоснованным комплектованием фондов.
В большинстве музеев не соблюдаются нормативы проведения сверки наличия музейных предметов с учётной документацией.
Актуальной для многих музеев является проблема морально и физически устаревших экспозиций, построенных ещё в советское время. Этот фактор не способствует повышению эффективности музейной деятельности, а ведёт к оттоку посетителей. Так, один из разделов экспозиции Балахнинского музея создан в 60-х годах прошлого столетия. Устарела экспозиция Сергачского музея. Не созданы настоящие исторические экспозиции в Ветлужском, Богородском музеях. Слаба в художественном отношении экспозиция Русского музея фотографии.
Музейные экспозиции нередко страдают излишним теоретическим академизмом и дидактичностью, не вполне соответствуя разнообразным, в том числе рекреационным, практико-познавательным и иным внеобразовательным запросам музейной аудитории.
Практически во всех музеях области отсутствуют экспозиции, посвящённые новейшей истории. Устарело выставочное оборудование.
Слабо изучены музейные коллекции. В связи с этим возможности их активного экспозиционного и просветительского использования весьма невелики.
В рамках программы предполагается плановое пополнение музейных фондов, создание новых экспозиций в большинстве государственных и во всех общественных музеях, организация и проведение как традиционных, так и новых научно-практических конференций; издание книг и сборников научных трудов, подготовленных сотрудниками музеев; проведение сверки музейных предметов с учётной документацией.