1. Управление экофондом осуществляют Правительство Нижегородской области и уполномоченные им органы. (в ред. Закона области от 10.12.2004 № 150-З)
2. Правительство и уполномоченный орган исполнительной власти в сфере отношений, связанных с охраной окружающей среды:
2.1. Определяют приоритетность предлагаемых для финансирования областных проектов и мероприятий на основе прогноза социально-экономического развития Нижегородской области и в целях выполнения федеральных целевых экологических программ на территории Нижегородской области;
2.2. Корректируют в случае необходимости статьи расходов экофонда в пределах общей суммы утвержденной сметы;
2.3. Представляют отчет по использованию средств экофонда в Законодательное Собрание области одновременно с отчетом об исполнении областного бюджета за отчетный финансовый год;
2.4. Принимают решения о выделении средств в чрезвычайных ситуациях, связанных с загрязнениями техногенного и природного характера;
2.5. Утверждают мероприятия природопользователей, проводимые за счет поступающих в экофонд средств, с учетом рекомендаций специально уполномоченных органов в области охраны окружающей среды;
2.6. Рассматривают иные вопросы деятельности экофонда, обеспечивающие организацию его работы и эффективное управление средствами.
3. Правительство и уполномоченный им орган в сфере управления средствами экофонда обеспечивают исполнение доходной и расходной частей сметы экофонда и контроль за целевым использованием средств. (пункт введен Законом области от 10.12.2004 № 150-З)