Управление реализацией Программы осуществляется департаментом здравоохранения.
Департамент здравоохранения как заказчик Программы совместно с департаментом финансов и другими заинтересованными областными органами исполнительной власти осуществляют контроль за ее выполнением.
Ежегодно на заседаниях коллегии департамента здравоохранения рассматриваются вопросы о ходе реализации программных мероприятий и об эффективности использования финансовых средств.