Центр состоит из следующих отделов:
2.1. Отдел индивидуальной психологической помощи.
Сектор первичного приема. Осуществляет диспетчерский прием лиц, обратившихся в Центр, с целью:
а) дифференциации случаев с психологический проблематикой от случаев, требующих медицинскую, юридическую, социальную и др. видов помощи;
б) определения подразделения Центра, которое в дальнейшем будет курировать каждый конкретный случай.
Консультативный сектор.
Ведет индивидуальное консультирование родителей, педагогов, детей, подростков и юношей.
При консультативном секторе работает служба доверия;
Сектор психологического развития и коррекции.
Осуществляет психологическую помощь в разных формах активного психологического обучения (групповая и индивидуальная психотерапия, социально-психологический тренинг, коррекция отдельных психологических функций и процессов, профессиональный тренинг учителей, арттерапия, тренинг сензитивности и др.).
2.2. Научно-методический отдел.
Сектор работы с практическими психологами.
Осуществляет научно-методическое и организационное руководство деятельностью практических психологов, обеспечение их деятельности необходимыми средствами и методами работы, оценку деятельности.
Сектор ведет работу по повышению квалификации практических психологов, организуя семинары, стажировки, группы профессионального тренинга, практику начинающих специалистов.
Сектор оперативной психологической помощи учреждениями образования.
По запросам руководителей учреждений осуществляет психологическую помощь в решении задач улучшения психологического климата, преодоления конфликтных ситуаций, массовой комплексной диагностики, проведения деловых игр, так же посредством выезда на места специалистов Центра.
2.3. Отдел психологической диагностики.
Сектор диагностики осуществляет психологическую и комплексную диагностику.
Сектор психологических методик ведет работу по подбору, разработке и тиражированию диагностических методик, а также необходимой документации для всех видов психологических служб.
2.4. Информационно-вычислительные отделы осуществляют информационное обеспечение всех подразделений Центра, статистический учет и обработку получаемой информации и катамнестических данных. Оснащен компьютерной техникой.